Masz 3 główne postaci w grze, 2B, 9S, 2A i po prostu grasz z ich perspektywy. Czyli ta sama historia ale jak przejdziesz raz, to możesz już sobie wyobrazić mniej więcej jak mocno będzie się różniło kolejne przejście. Na początku jest 2B, teraz mam 9S.

Nowe lokacje, nowe zadania, nowi bohaterowie do kontroli, nowe rodzaje gameplayu, nowe skille, trzeci route to całkowicie nowa linia fabularna.

były projektowane i sprzedawana jako maszyny bojowe - ktoś wpadła na pomysł wypuszczenia do sprzedaży serii która potrafi sama się replikować korzystając pochłaniając biosferę (wszystko co żyje)
głowna bohaterka to potomkini naukowców - chce odkryć przeszłość oraz kim jest jej matka, niejako przy okazji łączy we wspólnym celu (obrony) ludzi rozbitych na plemiona
Tu jest sporo niedomówien - ale jest jakaś obca siła która chce obudzić maszyny zdolne do replikacji i ponownie zniszczyć całe życie na ziemi - na sam koniec gry widzimy obraz rozbitego "statku obcych"

Ludzkość na chwile przed apokalipsą tworzy AI (o nazwie GAIA), które ma odbudować życie na ziemi po jego unicestwieniu. część maszyn, tych normalniejszych jak robokonie, roboptaki stworzyła właśnie GAIA z tęsknoty za fauną. Maszyny maja roznosić zarodki po planecie w celu restauracji życia. Ludzie naszej generacji wszyscy giną w 2066, pozostaje tylko sieć kompleksów podziemnych zarządzanych przez AI. Maszyny niszczą cały świat do momentu, gdy GAII udaje się je zdeszyfrować i wyłączyć. Następnie (prawie 1000 lat po apokalipsie) uaktywnia się jeden z podsystemów GAII odpowiedzialny za tworzenie (klonowanie) ludzi z magazynów DNA. Nowi ludzie są hodowani przez sztuczną inteligencję w podziemnych schronach i wypuszczani na wolność po osiągnięciu dojrzałości. Wszystko jest ok, nie ma wrogich maszyn, tylko te dobre, ludzie sobie żyją, do momentu gdy psuje się jeden z podsystemów GAII (Hades) odpowiedzialny za "resetowanie" biosfery Ziemii w przypadku, gdyby GAIA się gdzieś pomyliła i trzeba zacząć od nowa. Hadesa odkrywa jedno z plemion i zaczyna go czcić, służąc mu w jego planie ponownego zniszczenia ziemi. Z roku na rok maszyny robią się coraz bardziej agresywne, wypuszczane są nowe i stare modele bojowe. GAIA by ratować świat tworzy człowieka opartego na DNA pani naukowiec, która ją stworzyła. Oczywiście jesteś to Ty i dzięki temu samemu materiałowi DNA bioskanery podziemnych schronów i fabryk rozpozają cię jako Dr. Sobeck, dzięki czemu odkrywasz całą przeszłość i jesteś w stanie uratować świat.